Diş çürükleri ve diş eti iltihaplarının ilerlemesi halinde, mikroplar diş kökü kanalları ya da diş çevresi boşluğu (Periodontal aralık) yoluyla kök ucuna doğru hareket ederler. Kök ucuna erişen bakteriler burada genellikle apikal apse ya da kist denen oluşumlara yol açar. Apse, daha çok ağrılı akut bir durumu ifade eder, apsenin tedavi edilmemesi halinde ise ağrı azalsa bile iltihap hücreleri organize olup kist haline dönerler. Diş köklerindeki kistler büyük oranda iyi huyludur, bununla birlikte tedavi edilmedikleri taktirde çene kemiklerinde erimeler ve kemik kaybı meydana gelir. Kistlerin oluşmaması için yapılması gereken, öncelikle çürüklerin ilerlememesini sağlamak ve dolgularını ve diş eti bakımlarını yaptırmaktır. Çürük dişler, ağrımasalar dahi farkedildikleri zaman hemen tedavi edilmelidir. Kist oluştuktan sonra uygulanabilecek tedavi seçeneği öncelikle kanal tedavisidir.
Kanal tedavisi denendikten sonra sonuç alınamazsa apikal rezeksiyon denen tedavi uygulanabilir. Bu tedavide diş kökü hizasındaki kiste cerrahi yöntemle ulaşılır ve temizlenir. Gerekirse operasyon sırasında bu bölgeye kemik tozu da konarak iyileşme hızlandırılır. Apikal rezeksiyon işlemi, genellikle ön bölgedeki dişlere yapılabilen bir operasyondur. Açılan bölge dıştan 1 haftada iyileşir, kemiğin içeride tamamen iyileşmesi ise 2-3 ay arasında gerçekleşir.