İnsan vücudu, çok çeşitli mikroplar barındırır. Bu mikropların bazıları hastalık yapıcı özelliktedir, bazılarıysa normal florada bulunan bakteri ve mantarlardır. Ağız ve diş bölgesini ilgilendiren hastalıklarda, enfeksiyonlarda ve diş çürüklerinde normalden çok daha fazla yoğunlukta enfeksiyon odağı bulunur. Diş hekimliğinde bu enfeksiyonlarla baş etmek en önemli tedavi protokolüdür. Bunun yanı sıra, hepatit, aids ve tüberküloz gibi hastalıkların da diş tedavisi yoluyla başka kişilere bulaşmasının da engellenmesi gereklidir. Bu şekilde hastalık bulaşmasına çapraz kontaminasyon denir. Çapraz kontaminasyonun engellenmesi için uygulanacak kriterler bellidir. Bunların en başında, kullanılan alet ve cihazların sterilizasyonu gelir. Sterilizasyon, cihazların üzerinde hiç bir bakteri ve virüs kalıntısı bırakmayacak şekilde temizlenmesidir. Kullanılan aletler önce yıkanır ve tek kullanımlık paketlere konularak, otoklav denen basınçlı buhar üreten cihaz ile sterilize edilir. Klinikte dezenfeksiyon sağlanmasının en önemli kriteri, öncelikle olabildiğince az bölgenin kirletilmesidir. Bunun için olabildiğince az yüzeye dokunulmalıdır. İlave olarak hekim ve hemşire, evrensel koruma bariyeri olarak adlandırılan maske, eldiven ve gözlük kullanarak hem kendilerini hem de hastalarını koruyabilirler. Bulaşmayı önlemenin bir diğer yolu da kullanılan malzemelerin olabildiğince tekrar kullanılmayan ‘Disposable’ olmasıdır. Tedavide kullanılan tüm plastik malzemeler ve gazlı bez, bistüri ve iğne gibi atıklar tıbbi atık olarak ilgili kurumlarca toplanır ve imha edilir.